Après "L'attaque des tomates géantes", le commerce du légume tueur a été définitivement interdit. Tandis que le prix des tomates flambe sur le marché noir, un savant mégalo réussit à leur donner une apparence humaine. Il constitue une armée de tomates à sa solde, déguisée en milice bodybuildée. De son côté, Chad, condamné à faire des pizzas sans tomates, tombe amoureux fou d'une tomate sans le savoir (...que c'est une tomate)...