Après 57 ans de dérive dans l'espace, Ellen Ripley est secourue par la corporation Weyland-Yutani. Malgré son rapport concernant l'incident survenu sur le Nostromo, elle n'est pas prise au sérieux par les militaires quant à la présence de xénomorphes sur la planète LV-426 où se posa son équipage... planète où plusieurs familles de colons ont été envoyées en mission de "terraformage". Après la disparition de ces derniers, Ripley décide d'accompagner une escouade de marines dans leur mission de sauvetage...

Un sous-marin de l'US Navy sombre mystérieusement et l'équipage d'une base de forage pétrolière expérimentale est mobilisé afin de récupérer ses ogives nucléaires. L'un des plongeurs se retrouve lancé dans une odyssée fantastique à 8 000 mètres de profondeur, où il est confronté à une force mystérieuse qui pourrait changer le monde, ou le détruire.