XVIIème siècle, deux prêtres jésuites se rendent au Japon pour retrouver leur mentor, le père Ferreira, disparu alors qu'il tentait de répandre les enseignements du catholicisme. Au terme d'un dangereux voyage, ils découvrent un pays où le christianisme est décrété illégal et ses fidèles persécutés. Ils devront mener dans la clandestinité cette quête périlleuse qui confrontera leur foi aux pires épreuves.

Fin 1944. Le Japon est en train de perdre la guerre. Sur ordre du mystérieux Major Taniguchi, le jeune Hiroo Onoda est envoyé sur une île des Philippines juste avant le débarquement américain. La poignée de soldats qu'il entraîne dans la jungle découvre bientôt la doctrine inconnue qui va les lier à cet homme : la Guerre Secrète. Pour l'Empire, la guerre est sur le point de finir. Pour Onoda, elle s'achèvera 10 000 nuits plus tard.

Eté 1945 : Le Japon est occupé. "Le Soleil" retrace les événements intervenus entre deux décisions historiques prises par l'empereur Hirohito : la reddition sans conditions de son pays face aux Alliés et la renonciation à son ascendance divine. Il reconstitue des scènes de la vie quotidienne de l'empereur, évoque la rencontre de deux personnages que tout oppose, Hirohito et le général MacArthur. Sans forcer l'empereur japonais à prendre des mesures spécifiques, sans le menacer, sans l'humilier, le général américain finit par obtenir ce qu'il veut.