1947, Hollywood. Les grandes vedettes du cinéma partagent l'affiche avec les Toons, personnages animés. Roger Rabbit, la vedette la plus populaire des Toons, est amoureux transi de sa sublime femme Jessica, et son amour l'empêche de travailler correctement. Le patron des Studios pour lequel il est engagé, tente de le ramener sur le droit chemin et engage un détective privé pour lui prouver que sa femme le trompe. Des photos compromettantes sont prises et le présumé amant est retrouvé assassiné. Roger Rabbit est accusé du meurtre et recherché par l'ignoble juge Demort.

Trois mouches malicieuses, embarquent clandestinement à bord du premier vol vers la Lune avec les astronautes Armstrong, Aldrin et Collins. Parviendront-elles à sauver la mission ?...

En 1917, la Révolution Russe éclate. Le traitre Raspoutine est bien décidé à éliminer tous les Romanov. Anastasia, la plus jeune enfant de la famille royale, parvient à s'échapper grâce à Dimitri, un garçon de cuisine. Dix ans plus tard, réunis par le destin, ces derniers partent pour un extraordinaire voyage qui les emmènera de Saint Petersbourg à Paris, poursuivis à leur insu par l'infâme Raspoutine et sa délirante chauve-souris Bartok...